宇宙的自我修复进程中，看似平静的表面下暗流涌动。星野回归起源之岛后，发现世界树的根系开始分泌一种奇异的银色黏液，黏液接触地面便凝结成半透明的晶体，内部封存着破碎的画面——有被毁灭文明的最后时刻，也有尚未诞生文明的模糊雏形。无限符号石头在晶体旁持续发烫，表面裂痕中渗出的金色能量与银色黏液交融，形成不断变幻的符文。
与此同时，平衡守望者总部的深空监测站捕捉到异常信号。在距离银河系两亿光年的矩尺座星系团，一片原本死寂的星云正以违背物理定律的速度重组，形成类似巨型眼睛的结构。银发少年的数据核心解析出信号中夹杂的高频震荡波，波形与九黎族古籍中记载的“维度召唤咒文”高度吻合。“这不是自然现象，”他的投影在警报红光中闪烁，“有东西在更高维度注视着我们，而且...在尝试唤醒某种古老存在。”
洛璃带领的先遣队抵达矩尺座星系团时，眼前的景象颠覆了所有认知。星云构成的巨型眼睛虹膜处，漂浮着数以万计的黑色立方体，每个立方体表面都刻满了与熵影女王祭坛相似的混沌符文。当星舰靠近时，立方体突然迸发出紫色光束，在虚空中交织成牢笼，将舰队困在其中。“这些光束在篡改空间法则，”洛璃挥剑劈开一道光束，却发现伤口处迅速生长出新的牢笼，“我们的武器攻击反而在增强它们的力量！”
星野在起源之岛通过世界树感知到危机，他将手按在凝结的晶体上，意识瞬间被拉入一个由记忆碎片构成的迷宫。在这里，他遇见了一位身披星光长袍的女性虚影，对方手中捧着一颗跳动的心脏，心脏表面流转着所有已知与未知的宇宙法则。“我是前纪元的平衡维系者，”虚影的声音如同星河的低语，“在原初悖论第一次暴走时，我们将它最危险的部分——‘混沌意志’，封印在了矩尺座的深渊。”
虚影的影像开始变得模糊，她将心脏推向星野：“但现在，封印松动了。那些黑色立方体是‘混沌观测者’的造物，它们正在用被污染的法则能量腐蚀封印。你必须找到三件远古圣物——‘秩序罗盘’‘混沌之焰’与‘平衡法典’，只有集齐它们，才能重新加固封印。”话音未落，迷宫开始崩塌，星野的意识被强行弹出，手中多了一张残破的星图，图上标记着三个闪烁的红点。
在银河系的另一端，熵影女王的残余意识并未彻底消散。她的怨念依附在暗物质流中，侵入了机械联邦的中枢系统。联邦主脑的核心程序被篡改，所有的战争机甲开始自发组装成一座巨大的“熵影王座”，王座顶端的水晶球中，逐渐凝聚出她的新躯体。“九黎传承者以为能高枕无忧？”她的声音通过机械联邦的通讯网络传遍宇宙，“当混沌意志苏醒，所谓的信念，不过是风中残烛。”
星野与洛璃会合后，决定兵分三路寻找圣物。星野前往人马座旋臂的“遗忘星域”，传说这里埋藏着上古文明的遗迹。当他踏入星域，发现所有的恒星都失去了光芒，取而代之的是漂浮的巨型骸骨，这些骸骨表面刻满了警示符文：“擅入者，将被永恒困于时空褶皱。”星野的无限符号石头突然自主悬浮，在虚空中划出一道金色轨迹，指引他找到一座沉入星云底部的金字塔。
金字塔内部的重力场混乱不堪，星野时而被压向地面，时而又飘向天花板。在金字塔的最深处，他看到了被锁链束缚的“秩序罗盘”。罗盘的指针由纯粹的秩序能量构成，正疯狂转动，试图挣脱束缚。当星野伸手触碰罗盘时，锁链突然化作无数光刃袭来，他勉强用无限符号石头形成护盾抵挡。危机时刻，世界树的根系突破维度限制，缠绕住光刃，为他争取到夺取罗盘的机会。