杨嗣昌三月初一自缢身亡，万元吉和杨山松严密控制杨嗣昌自杀的消息，而是对外宣称杨嗣昌积劳成疾，呕血伤心而亡。万元吉一面料理军务，一面将杨嗣昌的死讯上报给崇祯皇帝，崇祯得到杨嗣昌的死讯后又恨又怜，恨杨嗣昌督师一年劳师糜饷不说，反倒陷落襄樊。怜的则是杨嗣昌忠心报国，却落得个出师未捷身先死的下场。
杨嗣昌督师的时候就有不少人攻击他治军无方，致使流寇纵横于川、襄之间，现在杨嗣昌一死，弹劾杨嗣昌的疏本络绎不绝。崇祯年间五十相，大多数都没有落得好下场，但是崇祯对于杨嗣昌的信任、眷顾却始终如一，他对身边的大臣慨叹：“督师功虽不成志堪怜悯，宜用辅臣礼归葬。”随后崇祯又下一旨：“督师阁臣杨嗣昌，督师功虽未成，尽瘁堪悯，与祭一坛，地方官护柩回籍。”
杨嗣昌一死，崇祯感到大臣中再也没有如同杨嗣昌一般的能臣，除了杨嗣昌他就信任的就是蓟辽总督洪承畴，但是洪承畴在关外与东虏正在苦战，根本就不可能调回来继续剿寇。思考了两天之后，崇祯终于下了决心，那就是扩大孙传廷的职权，加孙传廷兵部尚书衔，督师各镇，全权负责剿寇事宜。同时崇祯也知道杨嗣昌之所以如此，都是因为左良玉跋扈不服调遣所致，因此心中对于左良玉也非常不满，要是搁在别的总兵头上，恐怕崇祯早就派出缇骑杀左良玉以泄心中怨气。不过左良玉兵多将广，而且属下有不少都是投降过来的流寇，一旦杀了左良玉，恐怕这些人又得成为流寇。因此崇祯只好按捺在心中杀左良玉的想法。不过他也想给左良玉点颜sè看看，以免左良玉更加骄狂自大，同时崇祯觉得田羽的山东镇不但军力强大，而且能jing忠报国。因此下旨夺去左良玉平贼将军大印，仍以总兵衔视事，而迁田羽为平贼将军。
崇祯这个想法还最终没有定下来的时候，李仙风、孙传廷两人地疏本就到了崇祯地案头，崇祯听说张献忠、曹cāo入豫准备攻打开封，更是慌了神。李自成和张献忠时有摩擦崇祯等大明官员是有所了解的，现在听说张献忠、曹cāo入豫。有和李自成联营的架势。崇祯再也坐不住了，他不在犹豫。夺左良玉平贼将军以赠田羽，又下严旨令左良玉入豫歼灭张献忠。不得让张献忠进入豫西一步而打乱山东镇剿灭闯贼于洛阳的计划。
崇祯刚刚解决张献忠入豫这件事情，麻烦又来了。虽然崇祯以功虽不成志堪怜悯为理由替杨嗣昌辩护，但是许多科道言官却丝毫没有放弃攻击杨嗣昌地打算。工科给事中李如璧上疏追究杨嗣昌督师失败之责说：“襄阳失，则荆南有剥肤之恐。”刑部主事追究杨嗣昌有六大可斩之罪：“一，失藩陷城。二、弹劾巡抚以代其责。三、《华严经》灭蝗，咏咒平寇。四，张献忠入川，单裤纵逃。五，贿赂监军。六，交结朋党。”，其中最厉害的是礼部侍郎，他认为杨嗣昌“jiān欺误国，请用嘉靖朝仇鸾例，开棺戮尸。”……
崇祯虽然对这些奏疏置之不理，但是感情不能代替法律，而且现在不追究杨嗣昌之罪，ri后恐怕难以驾驭群臣，只好下令有关职司：“文弱两载辛勤，一朝尽瘁，虽有玛瑙山之功，不能掩张献忠、曹cāo两贼嚣张，襄王罹祸之罪，下所司会勘以闻。”
朝廷上下官员已经都知道崇祯对于杨嗣昌的袒护，因此将杨嗣昌失陷藩王等罪责，故意援经轻典，加上议功方式，解脱了杨嗣昌的罪责，显然这种处理方式是符合崇祯的意愿的。\\但是言官们却揪住不放，令崇祯气恼不已，最后他将各科道言官召集宫中，狠狠的训斥了一顿说：“杨嗣昌系朕特简，用兵不效，朕自鉴裁，而其尚有可取之处，各官见朕有议罪旨意，弹劾不已，其心何以。今疏留中，谕尔等知之。”在崇祯地重压下，弹劾杨嗣昌地风波终于慢慢的平息了下去。