自然哲学是指中医的基础理论体系，完全是在东汉天人合一的思cháo下建立的。以气、yīn阳、五行、八卦等中国传统的哲学，来构建了一个中医的生理、病理、诊断及用药处方的体系。尤其是生理学部分，它本来应该建立在解剖学的基础上，但中医的解剖一直不发达，虽然《内经》也说“夫八尺之士，死而可解剖视之。”但实际上没有规模系统地进行解剖，所以《内经》的生理学是建立在粗略的大体解剖之上，而配之以yīn阳五行理念。因而就会产生“肝在左，脾在右”的错误。中医不重视解剖，而重视生理现象的理论构建，即“藏象学说”，有诸内必形诸外，是以黑箱似的理论推论来诊断病情的。这是它的jīng华，从另外一个角度看，也可能是它的糟粕。
所以，中医的医疗经验绝对是有价值的，而这套yīn阳五行的模式，却是应该反思的。
但也有一个异数，就是张仲景的《伤寒论》和《金匮要略》。实际上这两本书比《黄帝内经》和《难经》更有价值，因为这是另外一个模式，即八纲辩证。长沙太守张仲景是个从实际出发的医生，他治疗外感伤寒病分为八纲，配以方药，这是一种试图将经验上升为理论体系的尝试。从思维方式上看，他力争“以药主症”，这个思路是对的，所以后世的rì本汉医独尊仲景，也是有道理的。可惜的是疾病太复杂了，不是伤寒金匮两本书能概括得了的。若遇上这两本书里没有的病症，后世的医生便仍然用《黄帝内经》的yīn阳五行理论为主，而八纲辩证也慢慢失去其独有的位置。
再说中医的生理基础，是经络学说。经络本身是大大值得怀疑的。因为这些经络和穴位都是后人慢慢增加的，根据是什么，说不清楚。最早的马王堆出土医书，只有《足臂十一脉灸经》，后来到东汉怎么就变成了十二经络和奇经八脉呢？是经验，还是为了配合天人合一而人为设定的呢？无考！比如人体三百六十五穴，不就是天人合人，人体小宇宙的对应吗？
经络里面流行的是什么？是血，还是气？有些地方说是血，有些地方说是气。又说“气为血之帅，血为气之母”，中医还有卫气营血学说，说来说去，都没个准。
试想，针灸是扎在穴位上的，如果里面流的是血，那就是扎在血液里面，如何能有“得气”之说？这是矛盾之处。
实际上，针灸能治病，是因为它就是一种刺激——应激反应。因为人体受到异物和刺激，即针刺或艾灸，会产生相应的反应。针刺信号传到大脑，大脑的反应是产生相应物质来应对，实际上是产生了“内啡肽”，这是镇痛的物质，是内源xìng的吗啡，所以针灸能镇痛就不奇怪了。但这也有个量的问题，针刺麻醉显然超过了这个阈值，因而针麻成功者十分廖廖。或者在针麻的同时也有催眠作用在协同。反正*中的针麻，十有仈jiǔ疼死人，但没人敢说，咬牙当个黄继光，很英雄。
另外，针灸是否一定要扎在穴位上，这也需要量反思。一是经络穴位的不确定xìng，各种针灸书，铜人，模型等，都有一些误差，而取穴方法也会导致误差，用解剖标志定针灸经络穴位还是近现代的事情。慕尼黑大学做了个有趣的实验，病人分两组，一组扎在穴位上，一组随便乱扎，结果两组得出的数据无显著xìng差异。说明针刺，是可以随意扎在身体上的，中医也有说法：阿是穴，那疼扎那儿，也能管事。
到是灸法里面的直接灸，即烧焦皮肤的那种，可能会刺激人体的免疫系统，增加抵抗力。笔者认识的一组人，每人都直接在足三里上烧两个大洞，化脓数rì之后结痂，从此不再感冒。持续数十年。可惜这种“自残肢体”的办法在中医里也算异数，倒是rì本某县风行此术。应该研究研究。但这也是可以用现代医学解释的事儿。跟中医本身的理论没太大的关系，属于某种经验范畴。
